Genostar

Genostar是一家总部位于法国格勒诺布尔的生物信息学公司。其业务围绕帮助研究人员组织、解释和建模生物信息的计算工具，特别是在微生物基因组学和系统生物学领域。该公司于2004年由Genostar联盟成立，该联盟是1999年由Genome Express、Hybrigenics、法国国家信息与自动化研究所（INRIA）和巴斯德研究所共同建立的公私合作项目。 公司的主要技术被描述为一个平台无关的微生物研究生物信息学环境。其功能涵盖序列组装、参考映射、基因组注释、蛋白质结构域识别、比较基因组学、结构搜索、代谢途径分析以及生物网络的建模和模拟。平台无关性设计使其可在Mac OS X、Windows和Linux系统上使用，使该软件适用于具有不同技术基础设施的研究机构。 Genostar的代谢途径构建器将基因组和系统生物学分析的多个阶段整合到一个环境中。研究人员可以针对参考序列进行组装，识别精确序列匹配，检测特定区域和单核苷酸多态性，预测基因，转移注释，并研究蛋白质结构域。该环境还支持代谢途径和生物网络的分析，将序列水平的观察与生化功能联系起来。 一个独立的表达数据解决方案将基因表达测量与基因、基因产物和生化反应联系起来。该系统可以将表达值与基因标识符关联，识别共表达或共调控的基因，显示受影响的反应和途径，并在基因组图谱和KEGG代谢图谱上可视化表达模式。它还提供功能类别的统计分析和可导出的表格和图表。这些能力使Genostar成为研究基础设施的提供商，而非面向消费者的软件品牌。 该公司的MicroB数据库被描述为包含约1,100种细菌和古菌生物的基因组、蛋白质、生化和代谢信息。Genostar还报告了与INRIA、瑞士生物信息学研究所和ChemAxon的合作或伙伴关系。参考资料提到与生物制药公司Merial就寻找致病性毒力因子达成的扩展协议，表明该平台应用于工业和应用微生物学。 公开可用的参考资料确定了Genostar的创立背景、产品能力和部分合作伙伴，但未确认其当前所有权、领导层、财务状况、网站、上市状态或运营状态。因此，这些公司属性在本档案中仍未得到确认。

Genostar有据可查的起源在于Genostar联盟，这是一个创建于1999年的公私合作项目。该联盟汇集了Genome Express、Hybrigenics、INRIA和巴斯德研究所。其成立反映了将基因组序列数据与用于注释、比较分析和生物学解释的计算方法相结合的需求日益增长。 2004年，Genostar在联盟工作之后成立为一家生物信息学提供商。公司总部位于格勒诺布尔，这是法国的一个科学技术研究中心。其既定重点是开发用于微生物研究的集成计算环境。Genostar并未将其产品局限于单一分析任务，而是将序列组装、映射、注释、蛋白质结构域分析、比较基因组学和代谢建模结合在一个旨在跨主要桌面操作系统使用的平台中。 该公司的代谢途径构建器代表了这种集成方法。其序列分析功能支持相对于参考序列的组装、参考序列与重叠群或序列集之间的比较、使用MUMmer的精确匹配搜索以及区域和单核苷酸多态性的检测。注释功能包括基于隐马尔可夫模型的从头基因预测、BlastX分析和使用BlastP的自动注释转移。蛋白质水平分析通过HMMER和选定的EMBOSS方法整合了Pfam结构域预测。 Genostar还开发了一个表达数据解决方案，将高通量表达测量与基因组和生化背景联系起来。该软件可以将表达值分配给基因名称和标识符，研究共表达和共调控，并通过基因组图谱和交互式代谢途径显示结果。它还支持功能类别分析，包括基因本体论和KEGG相关数据，以及可导出的输出。 该公司的MicroB数据库将这种方法从软件扩展到精选的生物信息。据描述，它涵盖了约1,100种细菌和古菌生物的基因组、蛋白质、生化和代谢数据。分析软件和以生物体为中心的数据的结合旨在支持对微生物功能、途径和表型的研究。 Genostar有记录的合作伙伴包括INRIA、瑞士生物信息学研究所和ChemAxon。参考资料还描述了与Merial就研究致病性毒力因子达成的扩展协议，表明该公司的工具应用于生物制药和工业研究以及学术生物信息学。然而，现有资料并未提供后期产品修订、收购、当前管理层、所有权、财务业绩或公司是否仍然活跃的可靠说明。这些方面需要进一步核实。

• 2004

  Genostar成立

  [1]Genostaren.wikipedia.org

  Genostar在联盟工作之后成立为一家生物信息学提供商。

• 1999

  Genostar联盟成立

  [1]Genostaren.wikipedia.org

  Genome Express、Hybrigenics、INRIA和巴斯德研究所组成了一个公私合作联盟，为后来的公司奠定了基础。

专注于微生物基因组学、功能注释、表达分析和系统生物学研究的专业生物信息学提供商。

• 生物信息学研究平台

  代谢途径构建器

  一个平台无关的微生物研究环境。其功能包括序列组装、针对参考序列的映射、精确匹配和区域搜索、SNP检测、基因预测、注释转移、蛋白质结构域预测、比较基因组学、代谢途径分析以及生物网络建模和模拟。它专为Mac OS X、Windows和Linux设计。

• 基因表达分析软件

  表达数据解决方案（EDS）

  将微阵列或其他表达测量与基因、基因产物和生化反应联系起来的软件。它支持共表达和共调控分析、基因组和代谢途径可视化、基于表达的编码序列着色、功能类别显著性检验以及可导出的分析表格和图表。

• 微生物生物学数据库

  MicroB

  一个被描述为结合了约1,100种细菌和古菌生物的基因组、蛋白质、生化和代谢信息的数据库。它旨在为微生物生物信息学研究提供生物体和途径背景。

1. 1Genostaren.wikipedia.org