GISAID
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未认领一个全球科学倡议和受控访问数据库,用于共享病原体基因组数据。
最近更新 2026年8月22日
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概览
GISAID,最初意为“全球共享禽流感数据倡议”,后来扩展为“全球共享所有流感数据倡议”,是一个于2008年建立的国际科学数据共享倡议。它的创建是为了回应人们对传统流感样本和序列信息交换安排未能充分保护数据生成的研究人员和国家的担忧。特别是,发展中国家的科学家和公共卫生当局担心生物材料和基因组信息可能被国际共享、被商业组织使用,并在没有充分认可、利益共享或原始贡献者参与的情况下转化为专利产品。 该倡议源于对高致病性H5N1禽流感的争论。意大利研究员Ilaria Capua在2006年公开倡导更广泛地发布H5N1序列信息,而Peter Bogner帮助组织和资助了拟议的平台。GISAID名称在2006年《自然》杂志的一封通讯中引入,并得到了一大批科学家的支持。该平台于2008年5月在日内瓦举行的第61届世界卫生大会期间正式启动。与完全公开的序列档案不同,GISAID使用用户注册、身份验证和数据库访问协议。其规则要求用户对数据生成者给予认可,并限制下载数据的再分发,同时鼓励与产生序列的实验室和国家合作。 GISAID在2009年H1N1大流行和2013年H7N9疫情中成为基因组监测的重要渠道。在COVID-19大流行期间,其作用急剧扩大。2020年1月,早期SARS-CoV-2序列通过该平台共享,随后世界各地的实验室存放了数百万个冠状病毒基因组。这些数据支持了变异检测、系统发育分析、基因组流行病学、公共卫生监测以及用于监测SARS-CoV-2国际传播的工具的开发。2021年来自南部非洲的Omicron序列的快速共享说明了该平台如何帮助识别各国之间遗传相关的病例。 该数据库后来扩展到流感病毒和SARS-CoV-2之外。2022年,GISAID增加了猴痘和呼吸道合胞病毒数据,反映了更广泛的病原体监测雄心。印度尼西亚于2023年宣布在巴厘岛建立GISAID学院,以支持生物信息学教育和区域基因组监测能力。 GISAID将其模式呈现为开放获取,因为合格用户可以获得和分析数据,但它不等同于GenBank或国际核苷酸序列数据库协作档案等不受限制的公共领域存储库。研究人员必须接受平台的条款,并且再分发受到限制。支持者认为这些条件保护了贡献者,鼓励了数据共享,并减少了对挪用或过早发表的担忧。批评者认为,这些限制、不透明的访问决定以及无法自由重新发布序列阻碍了独立验证和合作。 该倡议在2023年面临重大的治理和访问批评,当时一些研究人员暂时失去了访问权限,与SARS-CoV-2起源辩论相关的原始信息变得不可用。GISAID表示记录未被删除,可见性变化与更新或更正有关。然而,批评者质疑访问程序的一致性和操作权限的集中性。GISAID仍然是病原体基因组信息的主要国际存储库,尽管其治理、许可模式以及与完全开放数据库的关系仍在争论中。
沿革
GISAID源于关于流感样本和基因组序列应如何在国际上交换的争议。自1952年世界卫生组织全球流感监测和应对系统建立以来,国家流感中心通过国际公共卫生渠道提供样本和信息。批评者认为,传统安排可能使国家和实验室对其材料的使用方式(包括商业疫苗开发商)缺乏足够的控制。 GISAID的直接思想起源是H5N1禽流感辩论。2006年,Ilaria Capua呼吁快速发布禽流感序列信息,而不是将其保留在受限系统中。Peter Bogner回应了这一提议,并帮助发展了该倡议的组织和财务基础。后来《自然》杂志的一封通讯介绍了GISAID缩写,并描述了一个拟议框架,在该框架下,研究人员将提供序列信息,同时保留认可和保障。该提议获得了众多知名科学家的支持,最初与Cambia和知识共享科学共享项目有关。 印度尼西亚在2006年不愿继续通过现有系统发送禽流感样本,突显了数据所有权和利益共享的政治敏感性。该国随后同意通过GISAID共享数据,认为该平台是一个更平衡的机制。2007年,GISAID和瑞士生物信息学研究所宣布合作,该研究所将建立和管理EpiFlu数据库。这种关系后来以合同纠纷告终,数据库于2009年从GISAID门户断开,导致诉讼。 GISAID于2008年5月在日内瓦第61届世界卫生大会期间正式启动。2010年,德国宣布了一项合作协议,提供长期托管和技术基础设施,弗里德里希·洛夫勒研究所预计将支持科学合理性检查和数据管理。到2013年,一个与GISAID相关的华盛顿非营利组织已解散,运营通过德国协会Freunde von GISAID进行。 该倡议在2009年H1N1大流行和2013年H7N9疫情中被证明是有用的。在COVID-19期间,其重要性急剧增加。2020年1月,中国公共卫生研究人员通过GISAID共享了一些最早的SARS-CoV-2序列。在接下来的几年里,该平台积累了来自170多个国家的数百万个冠状病毒基因组。这些提交使实验室和公共卫生机构能够识别新出现的谱系、比较疫情并跟踪变异的全球传播。GISAID对与Omicron相关的序列的快速处理帮助调查人员联系了不同国家报告的病例。 2022年,该数据库扩展到猴痘和呼吸道合胞病毒。印度尼西亚于2023年宣布GISAID学院,将该倡议与培训和区域监测能力联系起来。该平台的贡献者认可模式已被提议作为未来国际数据共享系统的可能模板。 GISAID的受控访问结构一直使其区别于不受限制的存储库。用户必须验证身份并接受禁止未经授权再分发并要求对数据生成者进行归属的条款。这种方法旨在解决序列数据可能被未经信用使用、导致过早发表或支持不利于提供样本国家的知识产权主张的担忧。然而,研究人员也认为这些规则限制了可重复性,并使将数据转移到开放档案变得困难。 治理紧张在2023年变得尤为明显。一些研究人员失去了对数据库的访问权限,与SARS-CoV-2早期起源调查相关的数据暂时不可用。GISAID表示记录未被删除,变化反映了维护或更正程序,但批评者将访问决定描述为混乱和任意。资助组织和科学观察者也质疑该倡议管理的透明度以及其领导层周围权力的集中。这些争议削弱了该平台对不受限制开放的主张,而其作为大型基于贡献者的基因组存储库的科学价值仍得到广泛认可。
- 2023
GISAID学院宣布成立
[1]印度尼西亚宣布在巴厘岛建立一所专注于生物信息学培训和基因组监测能力的学院。
- 2022
病原体覆盖范围扩大
[1]猴痘和呼吸道合胞病毒被添加到支持的病原体数据集中。
- 2020
SARS-CoV-2数据共享迅速扩大
[1]在COVID-19大流行期间,GISAID成为冠状病毒基因组序列的主要国际存储库。
- 2013
运营转移到德国协会
[1]在华盛顿非营利组织解散后,Freunde von GISAID成为该倡议的组织载体。
- 2010
德国成为长期东道主
[1]德国宣布支持托管和维护该平台以及科学数据管理。
- 2008
GISAID正式启动
[1]该倡议在第61届世界卫生大会期间在日内瓦启动,作为一个基于注册的数据库。
- 2007
宣布EpiFlu合作
[1]GISAID和瑞士生物信息学研究所同意开发和维护流感序列数据库。
- 2006
H5N1数据共享提议出现
[1]Ilaria Capua和其他科学家倡导更广泛地共享禽流感基因组数据,为GISAID提供了概念基础。
产品与定位
一个保护贡献者、国际协调的替代方案,区别于不受限制的公共序列档案,旨在加速实时病原体监测,同时认可生成基因组数据的实验室和国家。
流感基因组数据库 · 2008
EpiFlu
GISAID最初的流感数据库,旨在支持流感病毒序列信息的交换和分析,同时保留贡献实验室和国家的归属和参与权。
冠状病毒基因组数据库 · 2020
EpiCoV
与GISAID相关的SARS-CoV-2数据环境。在COVID-19期间成为冠状病毒基因组提交的主要来源,支持注册用户的谱系、变异和基因组流行病学分析。
病原体基因组数据平台 · 2008
GISAID病原体监测平台
更广泛的GISAID平台支持多种病原体的基因组信息,包括流感病毒、SARS-CoV-2、猴痘病毒和呼吸道合胞病毒。其模式结合了数据库访问控制、贡献者归属和国际监测使用。
生物信息学教育 · 2023
GISAID学院
在印度尼西亚宣布的一项教育和能力建设倡议,旨在提高生物信息学技能、病原体基因组监测和区域疫情应对能力。
争议事件
营销活动
品牌决策
2023
提议加强治理流程战略背景
在研究人员被暂停或暂时无法查看某些数据后,对访问决定和组织透明度的批评增加。
采取的行动
GISAID领导层据报道讨论了独立的合规委员会和处理治理和科学争议的新流程。
后续影响
这些提议并未消除公众对访问限制和该倡议管理结构的批评。
2022
添加猴痘和RSV数据集新品背景
GISAID寻求扩大其超越流感和COVID-19监测的相关性。
采取的行动
该平台将猴痘病毒和呼吸道合胞病毒添加到其支持的病原体覆盖范围中。
后续影响
这一扩展使GISAID定位为更广泛的病原体基因组学倡议,而不是仅关注流感和SARS-CoV-2的数据库。
2020
将平台扩展到SARS-CoV-2新品背景
COVID-19大流行造成了快速国际交换冠状病毒基因组序列的迫切需求。
采取的行动
GISAID通过其受控访问平台接受并传播了SARS-CoV-2基因组提交。
后续影响
该数据库成为全球监测变异和进行基因组流行病学的核心资源。
2008
采用受控访问共享模式战略背景
GISAID的创建源于对不受限制或传统共享安排可能使贡献者面临失去信用、过早发表或不希望的知识产权主张的担忧。
采取的行动
该倡议要求注册并接受数据库访问协议,而不是将所有记录放在不受限制的公共档案中。
后续影响
该模式鼓励了许多数据生成实验室的参与,但后来因用户无法自由重新分发数据而受到批评。
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