国际神经信息学协调设施

国际神经信息学协调设施（INCF）是一个国际非营利组织，专注于协调神经科学计算基础设施的开发和使用。其工作解决了现代脑研究中的一个核心挑战：神经科学产生大量且日益复杂的异构数据，这些数据跨越物种、实验方法、生物尺度、成像模态和分析系统。如果没有共享的标准、元数据实践、参考框架、软件接口和存储库，这些数据将难以比较、重用、复制或组合。INCF在神经科学与信息科学的交叉领域工作，以帮助解决这一问题。 该组织是在经济合作与发展组织（OECD）赞助的国际政策讨论的背景下创建的。关于协调神经信息学的早期建议出现在1998年OECD关于生物信息学的超级科学论坛报告中。OECD全球科学论坛神经信息学工作组的进一步工作促成了2002年关于国际神经信息学协调委员会及相关国际资助机制的提案。OECD科学部长于2004年1月批准了该项目。随后，参与国和欧盟委员会制定了工作文件，为INCF和国际神经信息学计划奠定了法律和制度基础。 2005年7月，七个国家签署了相关谅解文件并承诺提供财政支持，满足了建立该组织的条件。随后举行了一场竞赛以选择秘书处的地点。瑞典的提案在OECD组织的评审中排名最高，INCF理事会于2005年11月批准了该建议。该组织于2007年2月正式成立，总部设在斯德哥尔摩的卡罗林斯卡学院。 INCF的使命围绕协调全球神经信息学活动以及创造一个神经科学研究成果可以共享和重用的环境而演变。它基于开放科学、FAIR数据以及基于研究对象的可引用研究的原则，开发、评估和认可标准及最佳实践。FAIR指的是数据数字资源可查找、可访问、可互操作和可重用。INCF还支持完整研究产出的出版，包括叙述性发现、基础数据和代码，旨在提高严谨性、透明度和可重复性。 INCF网络包括大学、研究机构、公共机构、公司、专业社区、个人研究人员、技术专家、数据科学家、政策参与者和科学出版商。其活动通过管理机构和工作组组织，这些机构协调全球倡议，监督标准制定，支持社区咨询并提供培训。培训面向研究人员、学生、管理人员和其他研究利益相关者，他们需要关于数据管理、计算方法、标准采用和可重复工作流程的实践指导。 与INCF相关的技术和社区成果示例包括用于啮齿动物大脑的Waxholm Space参考系统、可扩展大脑图谱平台、NineML模型描述语言、用于大规模神经元模拟器与其他应用程序之间通信的多模拟协调器、用于元数据和来源的神经影像信息学数据模型、用于将神经科学概念与数据、模型和文献联系起来的KnowledgeSpace，以及用于聚合神经信息学学习材料的TrainingSpace。这些举措说明了INCF的广泛作用：它主要不是商业产品公司，而是一个协调和促进机构，帮助社区为脑研究建立共同的技术和组织基础。 该组织仍由卡罗林斯卡学院承办，并通过其国际网络运作，而不是通过传统的面向消费者的品牌组合。其战略重要性在于促进合作、数据集成、基础设施互操作性和可重复的计算神经科学。所提供参考资料中确定的现任领导层包括主任Mathew Abrams和Helena Ledmyr以及理事会主席Maryann Martone。

INCF的制度根源在于国际努力，旨在使神经科学数据在学科和国家边界之间更可用。1998年发表的OECD超级科学论坛关于生物信息学的报告确定了加强神经信息学国际协调的必要性。随后，由Stephen H. Koslow主持的OECD全球科学论坛神经信息学工作组对此问题进行了审查。2002年，该工作组提出了建立国际协调委员会和相关神经信息学研究资助结构的建议。 OECD科学部长于2004年1月批准了该项目。随后，16个国家和欧盟委员会制定了定义拟议组织和国际神经信息学计划的文件。参考材料中确定的参与管辖区包括澳大利亚、加拿大、中国、捷克共和国、丹麦、芬兰、法国、德国、印度、意大利、日本、荷兰、挪威、瑞典、瑞士、英国、美国以及澳大利亚维多利亚州，以及欧盟委员会。 正式建立过程在2005年7月达到关键点，当时捷克共和国、芬兰、德国、挪威、瑞典、瑞士和美国签署了谅解文件并承诺提供财政捐助。下一个主要问题是INCF秘书处将设在哪里。提交了两份提案。应理事会的要求，OECD于2005年11月3日召集了一个专家小组来评估和排名投标。瑞典的提案排名较高，理事会于11月28日在OECD总部举行的会议上批准了该提案。 经过额外的国际讨论，INCF于2007年2月正式成立。其总部和秘书处设在瑞典斯德哥尔摩的卡罗林斯卡学院。主办安排将该组织与一个主要的医学和研究机构联系起来，同时允许其保持国际职责。 INCF随后的工作集中在协调全球神经信息学基础设施和鼓励共享技术实践。其活动包括制定和认可标准、参考系统、元数据模型、软件接口、社区知识资源和培训计划。该组织还促进了计算方法的使用，以整合和分析跨实验尺度、技术和物种的数据。 该组织现代工作的一个主要主题是开放科学和FAIR原则的结合。INCF鼓励神经科学资源可查找、可访问、可互操作和可重用，同时强调引用和来源。其培训活动解释了标准和最佳实践如何提高研究严谨性、可重复性以及完整研究产出的出版，包括研究叙述、数据和源代码。该组织通过FAIR、开放、基于研究对象和可引用的生态系统的概念描述了这一更广泛的方向。 INCF网络通过管理机构和工作组组织。这些结构汇集了机构、组织、公司、研究人员、数据专家、技术社区、政策制定者和出版商。INCF不是作为一个单一的软件平台运作，而是作为一个协调网络，支持就共同方法达成协议，并帮助社区连接基础设施和知识。 其相关成果包括Waxholm Space，一种基于坐标的啮齿动物大脑参考空间；可扩展大脑图谱，一个用于显示大脑图谱、成像数据和拓扑信息的基于网络的系统；NineML，一种用于描述计算模型的语言；以及多模拟协调器，它允许神经元模拟器和其他应用程序在执行期间进行通信。其他资源包括神经影像信息学数据模型，支持元数据生成、存储、查询和来源；KnowledgeSpace，将神经科学概念与研究数据、模型和科学文献联系起来；以及TrainingSpace，汇集了来自INCF、合作伙伴组织和更广泛社区的神经信息学学习材料。 INCF继续在斯德哥尔摩运营，主办机构为卡罗林斯卡学院。提供的参考资料将Mathew Abrams和Helena Ledmyr列为现任主任，Maryann Martone为理事会主席。其持久作用是帮助国际神经科学社区为脑研究建立可互操作、透明和可重用的计算基础。

• 2007

  INCF在斯德哥尔摩正式成立

  [1]International Neuroinformatics Coordinating Facilityen.wikipedia.org

  该组织于2月正式成立，总部设在斯德哥尔摩的卡罗林斯卡学院。

• 2005

  签署创始谅解文件

  [1]International Neuroinformatics Coordinating Facilityen.wikipedia.org

  七个国家签署了谅解文件并承诺提供财政捐助，满足了建立INCF所需的条件。

• 2005

  瑞典被选为秘书处主办地

  [1]International Neuroinformatics Coordinating Facilityen.wikipedia.org

  OECD召集的专家小组将瑞典的主办提案排名最高，INCF理事会于11月批准了该建议。

• 2004

  OECD科学部长批准该项目

  [1]International Neuroinformatics Coordinating Facilityen.wikipedia.org

  建立国际神经信息学协调的项目于1月获得OECD科学部长的批准。

• 2002

  提出国际协调结构

  [1]International Neuroinformatics Coordinating Facilityen.wikipedia.org

  OECD全球科学论坛神经信息学工作组制定了建立国际协调委员会和相关神经信息学资助系统的提案。

• 1998

  OECD确定协调神经信息学的必要性

  [1]International Neuroinformatics Coordinating Facilityen.wikipedia.org

  OECD超级科学论坛关于生物信息学的报告强调了协调新兴神经信息学领域国际活动的重要性。

一个国际性的非营利协调机构，致力于开放、FAIR、可互操作和可重复的神经科学。INCF将自己定位为共享基础设施和标准社区，而不是商业软件供应商或传统研究出版商。

• 大脑参考框架

  Waxholm空间

  Waxholm空间是一种基于坐标的啮齿动物大脑参考空间。它提供了一个共同的空间框架，旨在支持跨研究的解剖和实验神经科学数据的配准、比较和整合。

• 大脑图谱基础设施

  可扩展大脑图谱

  可扩展大脑图谱是一个基于网络的显示和探索系统，用于大脑图谱、成像数据和拓扑信息。它支持访问空间组织的神经科学资源，并帮助研究人员比较大脑结构和相关数据集。

• 计算模型描述语言

  NineML

  NineML是一种用于计算神经科学模型的通用描述语言。它旨在通过提供一种结构化的方式来描述神经元和网络模拟的元素，从而改进模型规范的交换和重用。

• 模拟互操作性工具

  多模拟协调器

  多模拟协调器，通常与缩写MUSIC相关联，使大规模神经元模拟器和其他应用程序在运行时能够进行通信。其目的是促进分布式或复杂模拟工作流中计算组件之间的互操作性。

• 元数据和来源框架

  神经影像信息学数据模型

  神经影像信息学数据模型提供了一个框架，用于生成、存储和查询元数据，包括数据来源信息。它旨在使神经影像资源更加结构化、可追溯、可发现和可重用。

• 神经科学知识资源

  知识空间

  知识空间是一个基于社区的知识资源和百科全书，将脑研究中的概念与相关数据集、计算模型和科学文献联系起来。它支持在原本碎片化的神经科学信息中进行导航。

• 培训资源库

  培训空间

  培训空间是一个在线资源库，汇集了由INCF、其合作伙伴和更广泛社区开发的神经信息学教育和培训材料。它支持研究人员、学生、管理人员和其他寻求计算和数据密集型神经科学指导的用户。

• 2007

  启动国际标准和基础设施网络战略

  背景

  该组织的创建是为了解决神经科学数据、工具、模型和研究实践在国家和科学学科之间的碎片化问题。

  采取的行动

  INCF作为一个国际协调组织成立，专注于神经信息学中的标准、最佳实践、基础设施、培训和协作。

  后续影响

  该网络开发并支持了涵盖大脑参考系统、模型描述、模拟互操作性、元数据、知识组织和培训的资源。

  来源

• 2005

  选择瑞典作为秘书处主办地战略

  背景

  在创始国家承诺支持该组织后，INCF需要选择秘书处的地点。通过OECD召集的专家过程审查了两份主办提案。

  采取的行动

  OECD专家小组将瑞典的提案排名最高，INCF理事会在其11月会议上批准了该建议。

  后续影响

  秘书处设在斯德哥尔摩的卡罗林斯卡学院，该学院成为INCF的总部和机构基地。

  来源

1. 1International Neuroinformatics Coordinating Facilityen.wikipedia.org
2. 2International Neuroinformatics Coordinating Facility official websiteincf.org